CpG (CpG sites)
CpG是基因组中的碱基序列以胞嘧啶(C)和鸟嘌呤(G)出现，p表示磷酸基团。 CpG中的C可以被甲基化为5-甲基化胞嘧啶，改变染色质结构，引起DNA 构象、稳定性及其与蛋白质互作方式，进而控制基因表达。
哺乳动物中，70%到80%的CpG位点的胞嘧啶是甲基化的。
在脊椎动物基因组中的出现频率
一个被发现已久的现象：相对于正常的随机概率期望，CpG位点在脊椎动物基因组中出现的概率非常低。以人类基因组为例（GC含量约为42%），CpG位点的出现概率应为0.21*0.21 = 4.41%；而人类基因组中CpG的实际含量约为1% -- 这尚未达到随机概率的四分之一。根据E Scarano等的论文[3]，这一现象发生的原因是脊椎动物基因组中CpG的胞嘧啶被甲基化为5-甲基胞嘧啶后再发生脱氨作用变成胸腺嘧啶，从而形成了从C到T的突变，致使CpG位点的出现概率降低。这种现象被称为CG抑制（CG suppression）。
CpG岛
CpG岛是一个富含CpG位点的区域，但客观精确描述所谓“富含”的定义尚不明确。通常对于CpG岛的正式定义为：一个长度至少为200bp的片段，其GC含量高于50%，且“观察期望比”（observed-to-expexted）高于60%。